Best practices voor eencellige proteomics

In een Nature Methods Technology Feature in augustus 2019, droomde Vivien Marx van single-cell proteomics. Dankzij de baanbrekende inspanningen van enkele pioniers kunnen we vandaag stellen dat er een nieuwe en opwindende modaliteit voor ééncellige metingen beschikbaar is: op massaspectrometrie gebaseerde, dat wil zeggen niet-gerichte, ééncellige proteomics.

Nu die droom is uitgekomen, heeft een groep vooraanstaande experts de handen ineengeslagen om hun ervaringen te delen en aanbevelingen te doen voor het uitvoeren, benchmarken en rapporteren van single-cell proteomics-experimenten. In dit artikel, gepubliceerd in Nature Methods in maart 2023, richten Gatto et al. hun discussies op verschillende belangrijke aspecten die betrekking hebben op experimenteel ontwerp, gegevensevaluatie en -interpretatie en rapportagestandaarden. Deze richtlijnen zullen het mogelijk maken een solide basis te leggen voor dit opkomende gebied.

Opkomende toepassingen van single-cell proteomics door massaspectrometrie. Eencellige proteomische metingen kunnen celtype en celstatusclusters definiëren, pseudotijd-inferentie ondersteunen, eiwitniveaus koppelen aan functionele fenotypes, zoals fagocytische activiteit, eiwitcovariatie kwantificeren en toepassen om eiwitcomplexen te bestuderen, eiwitconformaties analyseren en eiwitmodificaties, zoals fosforylering en proteolyse, kwantificeren. Bovendien maakt het integreren van eiwit- en RNA-metingen van dezelfde biologische systemen het mogelijk transcriptionele en post-translationele regulatie af te leiden en de covariatie van transcriptiefactoren en stroomafwaartse doeltranscripten te onderzoeken.

Dim: dimensie; PC: hoofdcomponent.

Prof. Laurent Gatto en Christophe Vanderaa, beiden van het laboratorium Computational Biology and Bioinformatics (CBIO) van het de Duve Instituut, hebben bijgedragen aan deze publicatie. Bezoek hun website voor meer informatie over hun werk.

Artikel over dit onderzoek

Initial recommendations for performing, benchmarking and reporting single-cell proteomics experiments
Gatto L, Aebersold R, Cox J, Demichev V, Derks J, Emmott E, Franks AM, Ivanov AR, Kelly RT, Khoury L, Leduc A, MacCoss MJ, Nemes P, Perlman DH, Petelski AA, Rose CM, Schoof EM, Van Eyk J, Vanderaa C, Yates JR 3rd, Slavov N
Nat Methods. 2023 Mar 2. doi: 10.1038/s41592-023-01785-3

Geïnteresseerd om onze groep te versterken en te werken aan single-cell proteomics ?

Join us