Bonnes pratiques en protéomique Single-cell

En août 2019, dans le journal Nature Methods Technology, Vivien Marx rêvait de "single-cell proteomics". Aujourd'hui, grâce aux efforts révolutionnaires de certains pionniers, nous pouvons affirmer en toute confiance qu'une nouvelle et passionnante approche, à l'échelle de la cellule unique, est disponible : la protéomique "single-cells" basée sur la spectrométrie de masse non ciblée.

Maintenant que ce rêve est devenu réalité, un groupe d'experts de premier plan a uni ses forces pour partager ses expériences et proposer des recommandations pour la réalisation, l'évaluation comparative et la rédaction de rapports sur les expériences de protéomique "single-cell". Dans cet article, publié dans Nature Methods en mars 2023, Gatto et al. concentrent leurs discussions sur plusieurs aspects importants relatifs à la conception expérimentale, à l'évaluation et à l'interprétation des données et aux normes d'établissement des rapports. Ces lignes directrices permettront d'établir des bases solides pour ce domaine émergent.

Applications émergentes de la protéomique " single-cell" par MS. Les mesures protéomiques à l'échelle de la cellule unique permettent de définir des groupes de types et d'états cellulaires, de soutenir l'inférence pseudo-temporelle, de relier les niveaux de protéines à des phénotypes fonctionnels, tels que l'activité phagocytaire, de quantifier la covariation des protéines et de l'appliquer à l'étude des complexes protéiques, d'analyser les conformations des protéines et de quantifier les modifications des protéines, telles que la phosphorylation et la protéolyse. En outre, l'intégration des mesures de protéines et d'ARN provenant des mêmes systèmes biologiques permet de déduire la régulation transcriptionnelle et post-traductionnelle et d'étudier la covariation des facteurs de transcription et des transcrits cibles en aval.
Dim, dimension ; PC, composante principale.

Le Pr Laurent Gatto et Christophe Vanderaa, tous deux du laboratoire de Biologie Computationnelle et Bioinformatique (CBIO) de l'Institut de Duve ont contribué à cette publication. Pour en savoir plus sur leurs travaux, visitez leur site web.

Article décrivant cette recherche

Initial recommendations for performing, benchmarking and reporting single-cell proteomics experiments
Gatto L, Aebersold R, Cox J, Demichev V, Derks J, Emmott E, Franks AM, Ivanov AR, Kelly RT, Khoury L, Leduc A, MacCoss MJ, Nemes P, Perlman DH, Petelski AA, Rose CM, Schoof EM, Van Eyk J, Vanderaa C, Yates JR 3rd, Slavov N
Nat Methods. 2023 Mar 2. doi: 10.1038/s41592-023-01785-3

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